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中國科學家創新DNA存儲算法 讓敦煌壁畫再“活”兩萬年

發布時間:2022-10-10 11:15:00來源: 中國青年報

 

  科幻大片《侏羅紀公園》里講述了這樣一個故事:科學家找到一塊有史前蚊子的琥珀,從蚊子血中獲得了恐龍的基因,從而讓已滅絕了6000多萬年的恐龍復活。

  恐龍的生物信息存儲在DNA中,若干年后被提取并還原出來。這聽上去似乎有些道理,卻也讓人倒吸一口涼氣。

  最近,天津大學一項研究成果讓人們離想象又近了一些。該校合成生物學團隊將10幅精選敦煌壁畫存入DNA中,并通過加速老化等實驗,發現這些壁畫信息在常溫下可保存千年,在9.4℃下可保存兩萬年。

  “如果在合適的溫度等條件下,保存千萬年也是可以的。”中國科學院院士、天津大學副校長元英進說。

  小小的DNA卻擁有驚人的存儲容量

  人類文明進化史,也是一部信息存儲技術發展史。

  從結繩記事、倉頡造字到磁帶、硬盤等現代磁光電存儲技術,數據存儲幫助人類延續了思想,記錄下燦爛文明。造紙與印刷術的發明,讓人類能夠存儲的數據量在幾百年內獲得了大約5個數量級的提升。到了計算機時代,人類產生的數據呈爆發式增長。

  “全世界都在建數據中心,而數據中心的能耗是驚人的。”元英進說。人們一直在不斷尋找更海量、更穩定、更安全的存儲方式。

  大自然鬼斧神工的絕妙之處就在于此——最好的存儲器或許就藏身于生命體之中。

  自地球上出現生命以來,大自然一直用DNA來存儲信息,至今已有30多億年。人類的五官在臉上如何擺放,體內的蛋白怎樣合成,眼睛是什么顏色……諸如此類紛繁復雜的人類基因組信息,都記錄在比細胞還小得多的DNA上,一代代沿用至今。

  不同于各種人造存儲設備,DNA極其精巧卻又如此經久耐用,它存儲了億萬年來無數生物的遺傳信息,造就生命繁衍、進化演化及生物多樣性。

  那么,假如把海量的信息,像存入U盤、硬盤一樣,“寫”到小小的DNA上,豈不是一舉多得?事實上,當人類發現DNA的雙螺旋結構后,美俄科學家就先后提出了用DNA存儲數字信息的概念。

  元英進解釋說,DNA存儲相較于磁、光、電等常規的信息存儲介質有3個最顯著的優勢。其中最大的優勢在于存儲密度高。目前,天津大學研究團隊將部分經典視頻片段存儲在DNA中,已實現了體積存儲密度比普通硬盤高出6個數量級。

  與此同時,存儲的信息可用時間非常長。此次研究者將10幅敦煌壁畫信息存儲在DNA中,結合創新的算法,可以實現DNA分子在室溫下保存超過千年,在9.4℃條件下保存兩萬年。

  這樣的長期保存需要的能耗卻很低。元英進認為,DNA存儲被視為一種極具潛力的存儲技術,已經成為應對數據存儲增長挑戰的新機遇。

  壁畫“變身”DNA需要幾步

  DNA信息存儲的原理共分兩步——信息寫入和信息讀取。

  這個過程實際上跨越了極難逾越的鴻溝:它打破了有機與無機的界限,連起生命和信息兩大系統。

  DNA是脫氧核糖核酸的縮寫,含有“A”“T”“C”“G”四種堿基。如果用數字中的0、1、2、3分別代表一個堿基,就組成了一個四進制的存儲方式,類似于計算機采用的0和1二進制代碼。

  通過編碼轉化,“堿基四進制”和“計算機二進制”就可以實現“對話”。天津大學合成生物學前沿科學中心博士生韓明哲解釋說,壁畫的數字圖像本質上就是二進制的比特串,“我們通過編碼將這些二進制的比特串,轉化為四進制的ATGC堿基序列,再通過DNA合成技術將堿基序列寫入DNA中,壁畫的數據圖像就‘變’為DNA了?!?/p>

  此前,該團隊成功在釀酒酵母中合成了一條額外的人工染色體,并在上面存儲了兩張圖片及一段視頻信息,將其稱之為“酵母CD”。隨著酵母的不斷繁殖擴增,數字信息也隨之廉價且穩定地復制。

  “我們傳代培養酵母到100代,依然可以完美地恢復出原始數據?!痹⑦M說,假如腦洞更大一點,將信息存儲到一棵樹中,隨著樹生長千百年,人類的子孫后代都可以隨時從這棵樹中讀取到千百年前存儲的信息。

  這一次,這支年輕團隊的創新之處在于,能實現更惡劣條件下可靠讀取信息。韓明哲說,存了壁畫信息的DNA,本質上其實跟天然的DNA沒有什么不同,同樣也存在長時間存放而產生的斷裂和降解等問題,影響信息存儲的長期可靠性,這也成為亟待解決的關鍵科學問題。

  于是,他們設計了基于德布萊英圖理論的序列重建算法來解決DNA斷裂等問題,可以從嚴重降解的DNA樣本中,恢復原始的信息。

  為了驗證數據的長期可靠性,團隊制備了一個沒有任何特殊保護的DNA水溶液樣本,隨后在70℃的溫度下加速樣本斷裂、降解長達十周。韓明哲說:“這個過程使得DNA片段80%以上都發生了斷裂錯誤,模擬了DNA在自然環境下千年萬年的降解情形。”

  隨后,團隊依靠設計的序列重建算法,依然可以準確組裝并解碼96.4%以上的片段,再通過一種編碼方式解決了少量片段丟失的問題,使原始的敦煌壁畫圖片能夠完美恢復。

  DNA存儲走向實用化還有多遠

  盡管DNA存儲還不被大眾所熟知,但它正在努力走出實驗室,“距離實用化并不遙遠?!痹⑦M說,驚人的數據存儲需求是新技術走向市場的最大推動力。

  據國際數據公司估計,到2025年全球數據總量將達到175ZB(1ZB為十萬億億字節)。到2024年,全球將有30%的數字業務進行DNA存儲試驗。然而從目前來看,DNA存儲想要大規模應用,尤其是在中國實用化還需要突破幾個關鍵瓶頸。

  團隊分析了當前DNA信息存儲面臨的主要挑戰。信息存儲成本高、信息讀寫速度慢,以及無法高效對接現有信息系統是三大主要限制因素。

  根據測算,目前DNA存儲寫入成本相當于20世紀80年代內存的存儲成本,而要達到當前數據存儲成本還需要降低7-8個數量級。

  “DNA信息存儲成本在未來有很大下降的潛力?!表n明哲認為,今后可以從優化合成反應、改良芯片結構、替換廉價耗材、優化試劑分配量等方面著手,大幅降低合成成本。

  與此同時,由于信息存儲領域市場規模巨大,隨著半導體器件、微納加工在DNA信息存儲領域的應用,該領域的巨大投入將對DNA合成技術產生重大影響,DNA合成技術與裝備快速迭代升級,也有望使成本快速下降。

  DNA信息存儲的讀取依賴測序技術,與磁、光、電等存儲相比,讀取速度較慢。目前DNA測序儀的讀取速度與硬盤相比,還存在3-4個數量級的差距——現有電、磁存儲技術通常每秒可讀取幾十到幾百兆字節數據。此外,DNA存儲的標準尚待建立,面臨與現有數字存儲系統兼容的問題。

  “DNA信息存儲是一個新興的、多學科深度交叉融合的研究方向。”元英進認為,DNA存儲在未來極有可能成為龐大冷數據存儲的主要存儲介質。

  所謂冷數據,就如同檔案館的歷史資料,需要把海量信息保存好,但平時又很少去使用。因為這些數據需要長期存儲、耗能又大,而電子存儲設備的壽命往往只有十年到幾十年,并需要不斷更新迭代,難以滿足冷數據存儲的需要。

  DNA存儲走向實用化仍面臨很多挑戰。元英進認為,眼下的突破可能還只是冰山一角,“技術進步需要十年磨一劍的耐心,還需要一點運氣。”

  中青報·中青網記者 胡春艷 通訊員 趙暉 來源:中國青年報

(責編:常邦麗)

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