1840年發生的鴉片戰爭，使中國歷史進入近代史時期。中國近代史的總的特點是帝國主義列強侵略中國，使中國逐步淪入半殖民地半封建社會，中國各族人民進行了英勇的反帝愛國斗爭，而清朝封建統治階級為維護他們的統治，對外妥協退讓，對內鎮壓人民的反抗。西藏近代史也具有和全國近代史相同的特點。

七世班禪呈給清朝光緒皇帝的奏書

二世策墨林活佛任攝政二十多年，權勢很重，同時也與西藏僧俗產生了一些矛盾。1844年七世班禪等僧俗上層控告他貪贓受賄、勒索百姓，并有暗害九世達賴喇嘛、十世達賴喇嘛和虐待十一世達賴喇嘛的嫌疑，清朝命駐藏大臣琦善查辦。琦善即是在鴉片戰爭中昏庸誤國，在廣州向英國侵略者妥協的投降派主要人物，后被革職，后來又被派到西藏任駐藏大臣。經琦善奏準，將二世策墨林撤職關押，期間曾被色拉寺僧人搶出，圖謀翻案未成，被押送回甘南居住。琦善隨即請七世班禪出任攝政，七世班禪在拉薩擔任代理攝政七個多月，即辭職返回扎什倫布寺。清朝就任命九世熱振活佛阿旺意希楚臣堅贊（錫德桑丹林）擔任攝政。

十三世達賴赴京覲見慈禧太后圖（壁畫）

清朝皇帝賜給十三世達賴的法螺

此后，西藏地方的僧俗上層之間的矛盾接連不斷。1855年攝政熱振活佛和噶佗夏扎旺秋杰波等控告第穆活佛不守清規，經駐藏大臣奏準，將第穆活佛押往后藏宗喀監管。當年尼泊爾在英國的支持下再次派兵入侵后藏，西藏軍民進行了英勇抵抗；但是由于當時清朝正忙于鎮壓太平天國，無法顧及，因此1856年在駐藏大臣赫特賀的主持下，由西藏地方和尼泊爾簽訂了協議，損害了西藏地方的利益。此后不久，夏扎旺秋杰波又和熱振活佛發生矛盾，夏扎等人對攝政的權力提出挑戰，但是熱振活佛取得了勝利，旺秋杰波被免職并關押在尼木莊園，又因其妻告發他與尼泊爾官員通信，攝政派代本吞巴去處理他，他爭取到吞巴代本的同情，被允許在自己的莊園中剃發修行。1856和1858年通過金瓶掣簽確定了八世班禪和十二世達賴喇嘛。1862年初夏扎和甘丹寺、哲蚌寺的一些上層僧人合謀，借發放布施的一些問題，鼓動兩寺的僧人發動暴亂，駐藏大臣滿慶偏袒暴亂者，攝政熱振活佛攜帶印信逃出拉薩，到北京告狀。駐藏大臣滿慶即將夏扎旺秋杰波請出以協助辦理商上事務的名義掌握攝政的職權。清朝一面批準滿慶的奏請，一面派人進藏查辦。但當時道路不通，拖了很久，此事也沒有結果，1863年2月熱振活佛就在北京去世。1864年夏扎旺秋杰波去世，這一場統治集團的斗爭就不了了之。1866年清朝任命擔任過甘丹赤巴和達賴喇嘛經師的四川打箭爐地方出生的高僧羅布藏青饒汪曲擔任攝政，賜給諾門汗和呼圖克圖名號，此即一世德柱活佛。但是幾年以后，1871年西藏又發生動亂，曾幫助夏扎旺秋杰波上臺的甘丹寺僧人（后任基巧堪布）班墊登珠糾集部分僧俗官員和甘丹寺僧人，殺死多名僧俗官員，企圖逼迫攝政德柱活佛下臺，并廢黜十二世達賴喇嘛。事情敗露后，班墊登珠等逃往甘丹寺，攝政與駐藏大臣調集數千軍隊，圍攻甘丹寺，班墊登珠戰敗后逃跑，在途中被殺。1872年攝政德柱活佛去世，十二世達賴喇嘛親政，不到三個月就去世了。清朝任命濟嚨活佛阿旺貝丹曲吉堅贊為攝政，他在1876年主持尋訪達賴喇嘛轉世靈童，并通過駐藏大臣奏準免予金瓶掣簽，認定了十三世達賴喇嘛。1882年八世班禪去世。1886年攝政濟嚨活佛去世，根據僧俗大眾的推薦，清朝任命八世第穆活佛阿旺洛桑赤列饒杰為攝政。1888年通過金瓶掣簽認定了九世班禪。1894年十三世達賴喇嘛已經十九歲，攝政第穆活佛辭去攝政職務，由達賴喇嘛親政。到1899年又發生了達賴喇嘛和卸任的攝政的親信之間的斗爭，即“第穆妖鞋”的事件，第穆活佛及其親信被捕，第穆活佛死在監獄中，丹吉林的莊園、寺廟和屬民都被沒收，并不準尋訪其轉世。

十三世達賴喇嘛土登嘉措像

十三世達賴喇嘛呈給光緒皇帝的奏書