金瓶掣簽制度制定以后，從1793年開(kāi)始，就分別在雍和宮和拉薩用金瓶掣簽的辦法確定呼圖克圖的轉(zhuǎn)世。對(duì)達(dá)賴?yán)锖桶喽U額爾德尼兩大活佛轉(zhuǎn)世系統(tǒng)，清朝也堅(jiān)持實(shí)行金瓶掣簽的制度，不過(guò)也有免于掣簽的特例。1795年，乾隆皇帝退位作了太上皇。乾隆帝退位后，接受了出家戒和比丘戒，派人專(zhuān)程給西藏送來(lái)他自己穿著僧裝的畫(huà)像。1798年，八世達(dá)賴?yán)镌诓歼_(dá)拉宮三界殊勝寢殿內(nèi)特設(shè)殿堂供奉乾隆皇帝的肖像。《八世達(dá)賴?yán)飩鳌酚涊d說(shuō)：“文殊大皇帝為了西藏人民的幸福，賞賜他自己的比丘持金剛裝束的肖像，作為漢藏人民敬拜的對(duì)象。達(dá)賴?yán)餂Q定修建精舍供養(yǎng)。他指示：‘大皇帝乃諸佛之嚴(yán)父，至尊文殊菩薩化現(xiàn)的人主，為天神等眾生的供拜對(duì)象。大皇帝慈愛(ài)雪域眾生，護(hù)佑黃教。仰仗大皇帝之慈恩，宏揚(yáng)宗喀巴大師之圣教，我等需圓滿地供養(yǎng)圣像’。該精舍由噶倫夏扎巴和孜強(qiáng)佐格桑曲扎負(fù)責(zé)修建。精舍建在三界殊勝殿的中央，頂部用楊木制成，金質(zhì)屋脊寶瓶，裝飾極為華麗，純金座，以窗欞隔斷，內(nèi)掛錦緞圍幔，圣像前擺放著各種供品。像前方的階梯上供放著金器、銀器和羊脂玉、水晶石制成的各種器具，富麗堂皇。殿內(nèi)陳放五種供品”。在七世達(dá)賴?yán)飼r(shí)期，康熙皇帝的牌位也供在此殿中。由于金瓶掣簽是乾隆皇帝全力主張制定的，所以在清代決定達(dá)賴?yán)锖桶喽U額爾德尼轉(zhuǎn)世靈童的幾次重要的金瓶掣簽，都是在這里的乾隆皇帝畫(huà)像和康熙皇帝的萬(wàn)歲牌位前舉行的。

　　嘉慶九年(1804年)十月二十日八世達(dá)賴?yán)飯A寂，首次出現(xiàn)以金瓶掣簽決定達(dá)賴?yán)锏霓D(zhuǎn)世問(wèn)題。三年以后，攝政濟(jì)嚨呼圖克圖向駐藏大臣玉寧、文弼報(bào)告，在各地所報(bào)的靈異幼童中，以德格地方出生的春科土司的兒子最為靈異，全藏僧俗一致信服，認(rèn)為是五世達(dá)賴?yán)锏脑偕?qǐng)求免于掣簽認(rèn)定為達(dá)賴?yán)锏霓D(zhuǎn)世。玉寧、文弼接報(bào)后與七世班禪、濟(jì)嚨呼圖克圖、第穆呼圖克圖及噶倫、代本等官員前往蔡公堂寺驗(yàn)看，數(shù)萬(wàn)僧俗向駐藏大臣一致懇請(qǐng)，并由僧俗官員集會(huì)寫(xiě)出稟帖，于是玉寧、文弼向嘉慶皇帝奏報(bào)驗(yàn)看靈童情形，并轉(zhuǎn)奏七世班禪、濟(jì)嚨呼圖克圖領(lǐng)銜的請(qǐng)求將德格出生的靈童免于掣簽作為達(dá)賴?yán)锏暮舢吚蘸钡淖嗾邸４藭r(shí)嘉慶皇帝考慮不周，作為特例批準(zhǔn)了駐藏大臣轉(zhuǎn)奏西藏僧俗的請(qǐng)求，于是九世達(dá)賴?yán)镂唇?jīng)掣簽得到認(rèn)定，并在嘉慶十三年九月二十二日在布達(dá)拉宮坐床。第二天，為感謝皇帝特準(zhǔn)免于掣簽之恩，達(dá)賴?yán)锛皵z政、經(jīng)師、各大呼圖克圖等在布達(dá)拉宮薩松南杰殿供奉的乾隆皇帝御像和“當(dāng)今皇帝萬(wàn)歲”牌前陳列供品，誦經(jīng)祈愿大皇帝萬(wàn)壽無(wú)疆。

　　但是九世達(dá)賴?yán)镏换盍耸畾q就在嘉慶二十年(1815年)圓寂了，到嘉慶二十四年二月駐藏大臣玉麟、珂實(shí)克奏稱(chēng)，攝政第穆呼圖克圖等說(shuō)理塘出生的靈異幼童十分聰慧福相，應(yīng)驗(yàn)卜兆，而且各處再也查不出可作呼畢勒罕之人，請(qǐng)求將理塘出生的靈童免于掣簽作為達(dá)賴?yán)锏暮舢吚蘸薄５沁@一次嘉慶皇帝不再允許免于掣簽，并對(duì)玉麟、珂實(shí)克嚴(yán)加申斥。命令除理塘出生的幼童之外，必須再找到兩名靈異幼童，方可將三名靈異幼童寫(xiě)簽入瓶，遵照定制，對(duì)眾誦經(jīng)，舉行金瓶掣簽。嘉慶皇帝還特別規(guī)定，掣簽時(shí)兩名駐藏大臣一人封簽，一人掣簽，不讓喇嘛僧人們經(jīng)手，“其掣出者方系達(dá)賴?yán)镎婧舢吚蘸保啬茏∈篱L(zhǎng)久，為眾信奉。”按照嘉慶皇帝的旨意，攝政二世策墨林活佛(此時(shí)原攝政第穆呼圖克圖已圓寂)派人分頭到前后藏、工布、昌都等地尋訪，又找到昌都出生的兩名靈異幼童上報(bào)。而此時(shí)嘉慶皇帝已去世，其子道光皇帝繼位。在道光元年(1821年)九月，道光皇帝才批準(zhǔn)以理塘、昌都出生的三名幼童入瓶掣簽。次年正月初七，將金本巴瓶從大昭寺迎請(qǐng)到布達(dá)拉宮的薩松南杰殿，由七世班禪率領(lǐng)僧眾誦經(jīng)供養(yǎng)九天，到正月十五舉行了確定達(dá)賴?yán)镛D(zhuǎn)世的首次金瓶掣簽。藏文《十世達(dá)賴?yán)飩鳌酚涊d當(dāng)時(shí)的情形說(shuō)：“水馬年正月十五日，當(dāng)太陽(yáng)出山之時(shí)，班禪大師從羅布林卡前往布達(dá)拉宮，僧俗官員等一起到皇帝圣容前就座，不久兩位駐藏大臣亦到達(dá)，當(dāng)漢藏官員、喇嘛會(huì)齊后，由滿文文書(shū)將三位靈童的名字用滿文書(shū)寫(xiě)到三個(gè)名簽上，然后由藏文文書(shū)在三個(gè)名簽的另一面上用藏文書(shū)寫(xiě)三位靈童各自的名字，并共同看驗(yàn)核對(duì)無(wú)誤。然后由靈(海)安班對(duì)金本巴瓶磕頭致禮三遍，再將三個(gè)名簽放入金本巴瓶中。然后誦經(jīng)師等一起念誦祈請(qǐng)三寶慈悲護(hù)佑的真言，做三次猛力祈禱。然后由文(干)安班向金本巴瓶跪拜三次，將裝有三支名簽的金本巴瓶搖動(dòng)，然后掣出確定轉(zhuǎn)世靈童名字的一支名簽，看視后高聲宣布是理塘出生的幼童，并將名簽交給班禪額爾德尼、策墨林諾門(mén)罕和靈(海)安班等在場(chǎng)的漢藏官員、喇嘛、貴族、僧俗人士看視，然后將名簽插到放在金本巴瓶上首的盛滿青稞的切瑪中。由于金瓶掣簽的結(jié)果與大眾的愿望相符，真實(shí)無(wú)欺地完成了掣簽認(rèn)定，所以眾人都極為歡樂(lè)和崇信。”這次金瓶掣簽掣出的轉(zhuǎn)世靈童即是十世達(dá)賴?yán)锍技未耄诋?dāng)年八月在布達(dá)拉宮坐床。

　　道光十七年十世達(dá)賴?yán)飯A寂，道光二十年(1840年)年底駐藏大臣奏報(bào)攝政策墨林諾門(mén)罕報(bào)稱(chēng)找到四名靈異兒童，經(jīng)駐藏大臣和攝政等看驗(yàn)，均有靈異，請(qǐng)求以此四名幼童入瓶掣簽。經(jīng)道光皇帝批準(zhǔn)后，次年五月在布達(dá)拉宮舉行了金瓶掣簽。

　　咸豐三年(1853年)七世班禪圓寂，咸豐五年(1855年)十一世達(dá)賴?yán)飯A寂，這樣就出現(xiàn)了西藏歷史上少見(jiàn)的差不多同時(shí)尋訪認(rèn)定達(dá)賴?yán)锖桶喽U大師轉(zhuǎn)世的情形。咸豐六年(1856年)駐藏大臣赫特賀奏報(bào)，據(jù)扎什倫布寺索本堪布扎薩克喇嘛報(bào)告，在前藏霞克巴地方和后藏托卜加地方各找到靈異幼童一名，經(jīng)過(guò)駐藏大臣和攝政等看驗(yàn)，認(rèn)為俱有靈異，請(qǐng)求以此入瓶掣簽認(rèn)定。經(jīng)咸豐皇帝批準(zhǔn)后，將兩名靈異幼童接到拉薩，于當(dāng)年十一月二十三日在布達(dá)拉宮薩松南杰殿的皇帝玉容和牌位前，由攝政熱振活佛和扎什倫布寺索本堪布等率領(lǐng)僧眾誦經(jīng)祈禱，由駐藏大臣滿慶和赫特賀主持，舉行金瓶掣簽，掣出后藏出生的靈異幼童為七世班禪的轉(zhuǎn)世，此即八世班禪丹貝旺秋。掣簽結(jié)果經(jīng)咸豐皇帝批準(zhǔn)后，咸豐十年(1860年)十月，由駐藏大臣恩慶主持，八世班禪在扎什倫布寺舉行坐床典禮。這是首次以金瓶掣簽確定班禪額爾德尼的轉(zhuǎn)世。

　　差不多與此同時(shí)，咸豐七年(1857年)攝政熱振活佛向駐藏大臣報(bào)告，關(guān)于十一世達(dá)賴?yán)锏霓D(zhuǎn)世，已找到在桑日、沃喀、達(dá)布出生的三名靈異幼童，經(jīng)駐藏大臣和攝政等人看驗(yàn)后，向咸豐皇帝做了奏報(bào)。得到皇帝批準(zhǔn)后，次年正月在布達(dá)拉宮薩松南杰殿由駐藏大臣和攝政熱振活佛等舉行金瓶掣簽，掣出沃喀出生的靈童為十一世達(dá)賴?yán)锏霓D(zhuǎn)世，經(jīng)咸豐皇帝批準(zhǔn)后，于咸豐十年(1860年)七月在布達(dá)拉宮坐床，此即十二世達(dá)賴?yán)锍嗔屑未搿?/p>

　　光緒元年(1875年)十二世達(dá)賴?yán)飯A寂。兩年后攝政濟(jì)嚨呼圖克圖向駐藏大臣松桂稟告，經(jīng)過(guò)請(qǐng)班禪大師等人占卜授記，護(hù)法降神，明示靈童出生在東方或者東南方，從各地所報(bào)的靈異兒童中經(jīng)班禪大師等考察，認(rèn)為在達(dá)布朗敦村出生的幼童征兆殊異，舉止非凡，為眾人所矚望，故祈請(qǐng)駐藏大臣轉(zhuǎn)奏皇上恩準(zhǔn)免于掣簽，予以認(rèn)定。此后在攝政的帶動(dòng)下，又由西藏各大呼圖克圖、噶倫及代本等官員、三大寺各扎倉(cāng)堪布等僧俗大眾集會(huì)，寫(xiě)成公稟，眾人蓋印畫(huà)押，呈遞駐藏大臣，懇請(qǐng)向皇上奏請(qǐng)免于掣簽。于是駐藏大臣松桂向光緒皇帝奏請(qǐng)，經(jīng)過(guò)皇帝批準(zhǔn)，將在達(dá)布朗敦村出生的靈童免于金瓶掣簽，認(rèn)定為達(dá)賴?yán)锏暮舢吚蘸保思词肋_(dá)賴?yán)飯D丹嘉措。

　　光緒七年(1882年)八世班禪圓寂。扎什倫布寺請(qǐng)十三世達(dá)賴?yán)锎蜇哉疾罚?qǐng)護(hù)法降神授記，經(jīng)過(guò)將近五年的尋訪，到光緒十三年(1887年)時(shí)，總管扎什倫布寺事務(wù)的扎薩克喇嘛諾門(mén)罕羅布藏頓珠向駐藏大臣文碩報(bào)告，經(jīng)過(guò)仔細(xì)尋訪和考察，找到在后藏托卜加、前藏達(dá)布、墨竹工卡地方出生的靈異幼童三名。文碩對(duì)幾世班禪大師都出生于托卜加稍有疑問(wèn)，指示攝政和羅布藏頓珠對(duì)托卜加出生的幼童再加考察，他們以該幼童確有靈異回復(fù)。結(jié)果文碩即以此奏報(bào)，經(jīng)過(guò)光緒皇帝批準(zhǔn)后，光緒十四年正月十五日在布達(dá)拉宮的薩松南杰殿舉行了金瓶掣簽儀式。而這一天正是英國(guó)侵略軍在隆吐山向西藏軍民發(fā)起猛烈進(jìn)攻、西藏人民第一次抗英戰(zhàn)爭(zhēng)爆發(fā)的日子。這次金瓶掣簽有十三世達(dá)賴?yán)飬⒓樱蓴z政第穆呼圖克圖、甘丹赤巴、扎什倫布寺扎薩克喇嘛等人誦經(jīng)祈禱，因當(dāng)時(shí)駐藏大臣只有文碩一人，故由文碩封簽、掣簽，結(jié)果掣出的是達(dá)布地方出生的幼童，此即九世班禪大師曲吉尼瑪。經(jīng)文碩將金瓶掣簽的結(jié)果奏報(bào)并得到光緒皇帝批準(zhǔn)后，光緒十八年(1892年)正月，九世班禪大師在扎什倫布寺坐床。

　　自乾隆皇帝制定金瓶掣簽制度以后，直到辛亥革命的一百多年中，據(jù)理藩院不完全記載，僅在西藏地區(qū)就有近四十個(gè)主要活佛轉(zhuǎn)世系統(tǒng)(含達(dá)賴?yán)锖桶喽U額爾德尼兩大活佛轉(zhuǎn)世系統(tǒng))的轉(zhuǎn)世靈童舉行過(guò)金瓶掣簽，舉行金瓶掣簽的次數(shù)有七十多次。這些轉(zhuǎn)世靈童的認(rèn)定涉及到格魯派、寧瑪派和噶瑪噶舉派的幾個(gè)主要的支派。